روزنامه کیهان در سرمقاله خود به قلم حسین شریعتمداری در واکنش به نامه خویینی ها به رهبر انقلاب نوشت:ما هم بر این باوریم که اعتقاد مردم آسیب دیده است اما اعتقادشان به کدام مقوله با آسیب روبهرو شده است؟!
اگر بیاعتقادی نسبت به اصل نظام است، در مقابل دهها نمونه اخیر که مردم با حضور چند ده میلیونی خود بر وفاداری و اعتقاد راسخ خویش به اسلام و انقلاب و مخصوصاً رهبر انقلاب تاکید ورزیدهاند چه پاسخی دارند؟!
در همین فاصله که نامه ایشان منتشر شده و استقبال گسترده دشمنان را در پی داشته است، برخی از هم حزبیهای بسیار نزدیک وی از تهیه و انتشار این نامه و مخصوصاً از اینکه نامه وی بازگوکننده آرزوهای آمریکاست بهشدت ابراز نگرانی کرده و یکی از آنها نامه خوئینیها را آخرین میخ به تابوت اصلاحات دانسته است.